Скрытый период при экспериментальном заражении мужчин чистыми культурами трихомонад в уретру составил 6—9 дней. По клиническим наблюдениям продолжительность инкубации у мужчин и женщин колеблется от 3 дней до 3—4 нед, составляя в среднем 10—14 дней. Имеются сообщения о необычно длительной инкубации. Например, Lanceley описал у одного больного инкубацию в 210 дней. По-видимому, в подобных случаях речь идет не о затянувшемся скрытом периоде, а обострении протекавшего до этого малосимптомного процесса под влиянием различных эндо- и экзогенных причин.

Воспаление мочеполовых органов, обусловленное трихомонадами, в общих чертах напоминает процесс, вызванный гонококк. Но трихомоноз, особенно у мужчин, значительно чаще протекает малосимптомно или асимптомно, причем у 5—10% больных наблюдается самопроизвольное клиническое и этиологическое выздоровление. В отличие от гонореи экстрагенитальных поражений с доказанной трихомонадной этиологией не описано. Случаи полиартритов, теносиновитов, синдрома Рейтера и т. д. обычно являются следствием смешанной инфекции с гонококками, хламидиями и др.