При проведении РИФ непрямым методом в случае исследования сыворотки больного сифилисом происходит следующее: бледные трепонемы, высушенные в виде мазка на предметном стекле и играющие роль антигена, фиксируют специфические антитела сифилитической сыворотки за период первичной инкубации. Тщательным промыванием препаратов исследуемую сыворотку удаляют с поверхности предметного стекла, в то время как антитела — иммунные глобулины — остаются фиксированными на поверхности бледных трепонем. Когда во второй фазе реакции на предметное стекло наносят каплю флюоресцирующей иммунной кроличьей сыворотки против глобулинов сыворотки человека, специфические антитела испытуемой сыворотки, фиксированные на телах бледных трепонем, играют уже роль антигена, с которым свяжутся антитела — иммунные глобулины — флюоресцирующей кроличьей сыворотки, покрывая при этом поверхность тела бледных трепонем.

При микроскопическом исследовании препарата в специальном люминесцентном микроскопе бледные трепонемы будут иметь желто-зеленое свечение, интенсивность которого оценивают в крестах: от 1+ до 4+. Сыворотка, обнаружившая резко-положительные (4+) результаты в РИФ2оо, может быть исследована в ступенчатых разведениях 1:400, 1:800 и т. д., т. е. по количественной методике.