Другими микробами, которые следует дифференцировать с гонококком, являются: Micrococcus cinereus, Diplococcus pharingis flavus, Diplococcus siccus, Micrococcus melitensis и молодые формы стафилококков. Все они непатогенны, грамположительны, но могут располагаться внутриклеточно и иметь большое сходство с гонококком, особенно если учесть изменчивость. Морфологически их не всегда можно отличить. У детей, особенно при поражении прямой кишки, следует дифференцировать гонококки и с кишечной палочкой. Однако нужно отметить, что разложение Сахаров характерно только для типичных культур: старые или атипичные штаммы могут иначе относиться к разложению Сахаров.

Для определения сахаролитических свойств гонококка наиболее часто пользуются средой Juhlin (1963), в состав которой входит асцитическая жидкость. Т. Г. Коликова и соавт. (1978) предложили для этой цели более доступную плотную желточную среду, где через сутки вишневый цвет меняется на желтый в зоне роста гонококка.

Для того чтобы лучше распознать колонии гонококка, применяют оксидазную реакцию. При нанесении 1—2 капель 1% раствора парафенилендиамина или 0,5% тетраметилпарафенилендиамина гидрохлорида на подозрительную колонию гонококковые колонии окрашиваются от пурпурнокоричневого до почти черного цвета. Такую окраску дают и другие грамотрицательные диплококки, некоторые виды Alcaligenes и Haemophilis, но все же эти реакции помогают легче выделить колонии, которые надо дифференцировать с гонококком. Следует помнить, что раствор легко окисляется и становится негодным. Колонии гонококка, обработанные парафенилендиамином, гибнут в течение 30 мин.