Поражение почек выявляется, как правило, в начале вторичного периода, редко раньше. Оно выражается либо в форме доброкачественной протеинурии (единственный симптом — наличие белка в моче около 0,1—0,3 г/л; другие признаки патологии отсутствуют, отеков нет), либо в форме сифилитического липоидного нефроза. Больной бледен, отечен. В сыворотке крови увеличено содержание холестерина и снижено количество белка. Моча выделяется в небольшом количестве, мутная, относительная плотность ее до 1,040 и выше. Количество белка в моче обычно превышает 2—3 г/л. В осадке обнаруживаются цилиндры, лейкоциты, жирноперерожденный эпителий, жировые капли; эритроцитов немного. Артериальное давление не повышено, глазное дно нормально. Нефроз проходит под влиянием специфического лечения. Переход в хроническую форму отмечается редко.

Поражение желудка встречается как при свежем, так и при вторичном рецидивном сифилисе. Сифилитический гастрит характеризуется потерей аппетита, тошнотой, понижением кислотности, болями, иногда заметной потерей массы тела. Он обусловлен возникновением очагов специфического воспаления на слизистой оболочке желудка, которые при рентгеноскопии иногда могут симулировать язвенную болезнь или новообразование желудка. Наличие других проявлений сифилиса и быстрый эффект специфического лечения позволяют поставить правильный диагноз.

Из других, более редких, поражений внутренних органов наблюдаются иногда миокардит, устанавливаемый по данным электрокардиограммы при наличии жалоб, на одышку, легкую утомляемость, слабость; очаговый сухой плеврит; поражения органов зрения и слуха. Распознавание этих поражений возможно на основании сочетания их с другими проявлениями сифилиса, в частности на коже и слизистых оболочках, и подтверждается успешностью специфического лечения.