Диагноз первичного сифилиса устанавливается на основании типичной клинической картины твердого шанкра, характерного регионарного склераденита и анамнестических данных. Во всех случаях диагноз должен быть подтвержден обнаружением бледных трепонем в темном поле зрения в отделяемом первичной сифиломы или пунктате регионарных лимфатических узлов. Однако за последние годы в литературе отмечается, что далеко не во всех случаях первичного сифилиса удается подтвердить диагноз нахождением бледных трепонем и количество таких случаев нарастает. Причиной этого считают прием различных лекарств, в частности антибиотиков, местное лечение (как по инициативе самого больного, так и вследствие диагностической ошибки врача). Поэтому трудность обнаружения возбудителя в отделяемом первичных сифилом нужно иметь в виду при обследовании больных с подозрением на первичный сифилис. Даже многократный отрицательный результат исследования на бледную трепонему не может служить неоспоримым аргументом против сифилиса.