При распознавании трепонем в материале из поражений половых органов надо иметь в виду обычно обнаруживаемую Tr. perfringens. Она значительно толще бледной трепонемы, завитки ее грубые, широкие, неравномерные, концы заострены, свечение более яркое, со слегка золотистым оттенком, движения резкие, беспорядочные.
При исследовании материала, взятого со слизистой оболочки полости рта, необходимо учитывать наличие здесь нескольких видов сапрофитных трепонем, в частности очень схожей с бледной трепонемой Тг. microdentium (Tr. denticola). Отличить последнюю от бледной трепонемы иногда очень трудно. Принимают во внимание следующие признаки: Тг. microdentium короче и чаще толще бледной трепонемы, завитки ее несколько заострены, угловатые, она сильнее преломляет свет, выглядит ярче, перемещается медленнее, сгибательные движения редки.
Если в тканевой жидкости имеется заметная примесь крови, то нити фибрина выглядят как неравной толщины длинные, тонкие, с крупными неравномерными завитками образования, перемещающиеся с током жидкости, и затрудняют постановку правильного диагноза.
