Не менее важное практическое значение имеет смешанная инфекция гонококками и хламидиями — патогенными микроорганизмами, занимающими промежуточное положение между вирусами и риккетсиями. В ряде стран хламидии наряду с гонококками являются самой частой причиной передающихся половым путем воспалений мочеполовых органов.

Обычно хламидии вызывают подострый или малосимптомный уретрит у мужчин, который может осложниться воспалением половых желез, малосимптомный эндоцервицит у женщин, а также конъюнктивит «с включениями» у взрослых и новорожденных. При определенных условиях, связанных, вероятно, с наследственным дефектом иммунного ответа (о чем говорит наличие анормального антигена гистосовместимости, иногда наступает гематогенная диссеминация хламидии из мочеполового очага.

Таким образом объясняют механизм возникновения синдрома Рейтера—сочетанного поражения мочеполовых органов, суставов, глаз и других органов с упорным, рецидивирующим, а иногда фатальным течением.

При смешанной инфекции с гонококками, которая наблюдается в 15—30% случаев гонореи, Chlamydiae oculogenitallis после гибели гонококков нередко поддерживают воспаление уретры. Так, Oriel и соавт.  обнаружили хламидии у 15 из 44 больных гонореей мужчин. У всех через 2 нед после лечения гонореи развился постгонорейный уретрит с хламидиями в отделяемом.

Артриты, сочетающиеся иногда с поражениями глаз, кожи, слизистых оболочек и внутренних органов, возникающие у хорошо леченных больных через 2—4 нед и позже после лечения, когда гонококки уже стойко исчезли, раньше расценивались как «токсико-аллергические» или «постгонорейные». Они не поддаются лечению противогонорейными средствами и по клинике, течению и лабораторным данным оказались идентичными синдрому Рейтера.

У женщин чаще, чем у мужчин, к инфекции гонококками могут присоединяться гноеродные бактерии (стафилококки, стрептококки), которые, как и трихомонады, приводят к более острому течению воспаления и обильным выделениям.