Реже твердые шанкры локализуются в области верхних и нижних конечностей, на конъюнктиве век, на подбородке, на соске молочной железы, в области подмышечных впадин, на лице, животе. В литературе описаны случаи локализации первичной сифиломы в области верхнего правого века, на ушной раковине, голени, подошве, затылке, лбу, в межлопаточной области, на носовой перегородке, ладонях., межпальцевой складке I—II пальцев кисти, кончике носа, спине, предплечьях, ягодицах, бедре, в области левого лучезапястного сустава, виска и т. д. Следует отметить, что на открытых частях тела шанкры обычно покрываются корочкой. Д. Г. Ледяшов описал случай редкой локализации твердого шанкра в области клитора у девочки в возрасте 3 лет 3 мес. При такой необычной локализации первичного склероза своевременная диагностика в большинстве случаев представляет большие трудности. Указывая на трудности диагностики экстрагенитальных твердых шанкров, Fournier писал: «Хотя твердый шанкр распознать нетрудно, но трудно о нем вовремя вспомнить».
В зависимости от места расположения на отдельных частях тела твердый шанкр имеет свои особенности. Так, шанкр на головке полового члена обычно бывает круглых очертаний с маловыраженным инфильтратом; шанкр в области наружного отверстия уретры имеет форму воронки, значительное уплотнение и часто бывает болезненным. Шанкры, расположенные на крайней плоти и в венечной борозде, отличаются резкой индурацией, вследствие чего нередко возникает инфильтративный фимоз. При этих локализациях первичной сифиломы оттягивание крайней плоти кзади позволяет, по наблюдениям М. П. Фришмана, выявить два симптома: уплотнение в виде «козырька» и симптом «тарзального хряща», когда при наступающем от давления обескровливании шанкр выглядит, как тарзальный хрящ верхнего века.
Твердый шанкр в области заднего прохода, располагаясь в складках, имеет вид трещины с незначительным уплотнением в основании и часто болезнен при пальпации. Нередко при дефекации появляется кровотечение.
Первичный склероз, расположенный в глубине анальных складок, при невнимательном обследовании врач может не обнаружить. Твердый шанкр становится видимым только при энергичном расправлении складок. Первичная сифилома на слизистой оболочке прямой кишки может быть выявлена лишь с помощью ректального зеркала или при ректоскопии. Для правильной и своевременной диагностики шанкров прямой кишки врач должен иметь определенный опыт в обследовании таких больных. Шанкры подобных локализаций особенно часто служат объектом диагностических ошибок.