Вирус гриппа — облигатный паразит. Он существует и развивается только в живой клетке и за ее счет; вне живой клетки он существовать не может. Проникнув в клетку слизистой оболочки верхних дыхательных путей, вирус гриппа начинает в ней размножаться. Все необходимое для своей жизнедеятельности вирус получает из клетки. Жизнедеятельность вируса ведет к нарушению процессов метаболизма, к структурным изменениям, перерождению, отмиранию и отторжению клеток, которые вместе с отделяемым дыхательных путей, увлекающим с собой и вирусные частицы, выбрасываются в воздух при разговоре, чиханье и кашле.
Перерождение и слущивание клеток цилиндрического эпителия можно видеть в отпечатках, сделанных в клинике со слизистой оболочки носовых раковин больных гриппом, и при биопсии слизистой оболочки трахеи и бронхов. Hers и Mulder и В. М. Афанасьева наблюдали это в отпечатках с трахеи и бронхов на секции. Освободившись из отмирающих клеток, вирус проникает в здоровые клетки, постепенно распространяется по дыхательным путям, спускаясь из верхних отделов все ниже и ниже, из носоглотки в гортань, трахею и по бронхиальным разветвлениям достигает мельчайших бронхиол и альвеол, повреждая на своем пути эпителий дыхательного тракта. Таким образом, входными воротами для вируса гриппа является дыхательный аппарат, а сам вирус оказывается пневмотропным, эпителиотропным.
Возможно, что он проникает и в эпителий конъюнктивы глаз, покрытой цилиндрическим эпителием. Такое предположение высказал и М. А. Морозов, который, пользуясь методом предложенной им окраски (серебрение) и вирусоскопии, наблюдал элементарные тельца вируса гриппа в мазках, сделанных с конъюнктивы глаз больных гриппом людей. На это указывают также Л. Д. Князева и Э. Э. Кушнарева. Burnet также пишет, что вирус гриппа поражает только клетки эпителия дыхательных путей и эпителия конъюнктивы глаз. Скопления вирионов гриппа в виде включений в цитоплазме эпителиальных клеток дыхательных путей наблюдали многие авторы. В. Е. Пигаревский и А. М. Дубнякова наблюдали их и в лейкоцитах.