Подобно другим родственным ему препаратам, мерказолил, хотя значительно реже, может вызвать наряду с понижением функции щитовидной железы увеличение ее размеров — так называемое зобогенное действие. Оно, как полагают, представляет собой вторичную реакцию щитовидной железы на увеличенную секрецию тиреотропного гормона передней долей гипофиза, что обусловлено снижением концентрации тиреоидных гормонов в крови. Нарастание величины щитовидной железы вызывает сильное беспокойство больных, несмотря на ослабление тиреотоксических явлений. При значительном увеличении щитовидной железы в определенном направлении она может оказывать давление на близлежащие органы. В случае наличия в щитовидной железе узлов усиление их роста опасно в смысле малигнизации, хотя на узловые формы зоба препараты, производные тиомочевины, действуют слабее. Под влиянием этих препаратов наблюдается иногда по указанной выше причине появление или усиление экзофтальма. При назначении мерказолила нельзя забывать об этих возможных осложнениях.

Для предупреждения зобогенного и экзофтальмогенного действия рекомендуется назначать одновременно с мерказолилом микродозы йода как понижающие тиреотропную активность гипофиза в обычной для них прописи, с обычными для них перерывами.