Инкубационный период продолжается 1 — 3 недели, в среднем 12—14 дней, а по В. И. Покровскому и Н. В. Хрусловой  — от 1 до 3—4 недель, изредка до 10—12 дней (при экспериментальном заражении инкубация длилась от 7 до 14 дней). По Chanoc и др., М. А. Фурману  и др., болезнь, вызываемая микоплазмой пневмонии, может носить разнообразный клинический характер: от инагшарантной формы до лихорадочного респираторного заболевания с пневмонией или без нее. Болезнь возникает внезапно (10 случаев) или постепенно (39 случаев), сопровождаясь симптомами общего характера (недомогание, познабливание, умеренная головная боль, лихорадка, иногда слабость, ломота, анорексия, тошнота и рвота) и местными поражениями респираторного тракта (нередко насморк, кашель — постоянный симптом, иногда мокрота, боль в горле, за грудиной или в боку, реже носовые кровотечения, одышка).

Начальные симптомы свойственны многим заболеваниям дыхательных путей, в особенности гриппу, за который обычно принимают болезнь до уточнения диагноза. Интересны наблюдения Л. Д. Князевой, которая находила у больных пневмонией, вызванной микоплазмой пневмонии, острые респираторные заболевания, предшествовавшие пневмонии, главным образом парагрипп, у некоторых грипп, аденовирусную и PC-инфекцию, а у остальных — нерасшифрованные респираторные заболевания. Э. М. Вихнович  наблюдала чистую инфекцию микоплазмы пневмонии лишь в 3—4% случаев, а смешанную с другими вирусными респираторными заболеваниями — у 9—10% всех обследованных больных острыми респираторными заболеваниями. Течение микоплазменной пневмонии чаще средней тяжести или легкое. Потрясающего озноба обычно не бывает.

Головная боль у больных постоянна и усиливается при кашле. Лихорадка (почти у всех больных) разной степени (от субфебрильной до 40° и выше) может быть постоянной и ремиттирующей; она длится обычно не меньше 5—6 дней (может продолжаться от 1 дня до 6 недель) и кончается литучески в 7—14 дней. Э. М. Вихнович  наблюдала у всех больных температуру от 38 до 40° в течение 6 — 12 дней. Общие явления длились 7—10 дней.

Изменение со стороны дыхательных органов держались дольше, у больных имеется склонность к усиленному потоотделению. Герпес наблюдается редко. Больные испытывают; раздражение в глотке, слизистая оболочка которой несколько воспалена. Изредка гиперемирована конъюнктива глаз, склер. Кашель сначала сухой, часто пароксизма мальный в первые дни болезни, (затем влажный, с выдавлением серозной или слизисто-гнойной мокроты, изредя с прожилками крови и крайне редко с более обильный кровохарканьем. Иногда кашель сопровождается болью за грудиной или в грудной клетке. По наблюдениям Л. Д. Князевой, боли в грудной клетке отмечаются у; 1/3 больных, а у половины — цианоз той или другой степени и заложенность носа.