При дифференциальной диагностике у мужчин следует иметь в виду болезнь Рейтера, которая довольно часто осложняет течение негонококковых уретритов, а иногда возникает и после полноценного лечения гонореи, когда никакими методами гонококки уже не обнаруживаются. Болезнь Рейтера — заболевание со сложным патогенезом, которое в классическом варианте характеризуется триадой из уретрита, поражения глаз и полиартрита. В отличие от гонорейных, артриты при болезни Рейтера не поддаются воздействию пенициллина, но зато склонны к самоизлечению с полным восстановлением функции, даже если суставная атака длилась несколько месяцев.
Гонококковые поражения кожи, возникающие при гонококковой бактериемии, могут быть довольно полиморфными, но типичными являются немногочисленные геморрагически-пустулезные элементы, обычно локализующиеся на дистальных участках конечностей и вблизи пораженных суставов, которые представляют собой септические «инфаркты» кожи. Элементы сыпи от 1—2 мм до 2 см в диаметре и могут одновременно находиться в разных стадиях развития. Сыпь держится около недели, затем исчезает, оставляя нестойкую пигментацию.
Гонококковый сепсис протекает по-разному. Более тяжелой, но и наиболее редкой формой является гонококковая септикопиемия, которая представляет собой тяжелое заболевание с сомнительным прогнозом, сопровождающееся поражениями сердца, мозговых оболочек, поражениями печени и почек. Клинически эта форма гонококкового сепсиса не отличается от других тяжелых пиемии, а возникающие при ней артриты и кожные высыпания не определяют течения и исхода болезни. Чаще наблюдается относительно мягкая форма гонококковой септикопиемии. Для нее характерны интермиттирующая лихорадка от 38 до 40,5°С, озноб, артралгии или артриты и типичные кожные высыпания. Такая форма хорошо поддается своевременно начатой пенициллинотерапии.