Третичные сифилисы гистологически представляют собой инфекционную гранулему. При бугорковом сифилисе периваскулярный инфильтрат локализуется в сосочковом и подсосочковой и состоит из большого количества плазматических, эпилилоидных, тучных, гигантских клеток, лимфоцитов, фиброблатов, эозинофилов, гистиоцитов. Особенно резко изменяются кровеносные сосуды, стенки которых сильно утолщаются; происходит разрастание и набухание интимы, в результате чего просвет сосудов суживается, местами отмечается полная их обтитерация. Со стороны эпидермиса наблюдаются явления паракератоза, акантоза и инфильтрации полинуклеарами.
По данным А. И. Картамышева, в очагах скопления инфильтратов обнаруживаются густые сети аргирофильных волокон. В участках некроза — явления распада. Значительно утолщены аргирофильные мембраны вокруг сосудов и придатков кожи. Нервные волокна, находящиеся в инфильтрате, сильно истончаются, местами отмечается полная их атрофия или осевой цилиндр распадается на зерна, пыль, следующую по ходу волокна. В близлежащих к очагу поражения участках нервные волокна варикозны, вакуолизированы и разволокнены.
При сифилитической гумме воспалительный инфильтрат располагается в глубоких частях дермы и подкожной жировой клетчатки. Наблюдаются значительные изменения сосудов (эндо- , мезо- и периваскулит). Эластические и коллагеновые волокна в области инфильтрата постепенно разрушаются и гибнут. В центральной части очага отмечаются некроз и расплавление инфильтрата. Аргирофильные мембраны вокруг сосудов утолщаются, набухают, целость их нарушается. Нервных волокон в местах поражения мало. В отдельных нервных волоконцах далеко зашедшие явления атрофии. Периневральные пространства резко расширены.