Важнейшим фактором иммунитета является фагоцитоз, при котором макрофаги, гистиоциты захватывают трепонему, окруженную лимфоцитом, и часть ее клетки (цитоплазма) переходит в лимфоцит, который становится сенсибилизированным к данным антигенам. В ответ на нахождение в организме антигена (трепонема) образуются различные антитела —иммуноглобулины (Ig). К IgM относятся реагины, к IgG — иммобилизины, к IgA — флюоресцирантин. В разные периоды сифилиса появляются различные антитела: вначале — флюоресцирующие антитела (еще до появления твердого шанкра), затем антитела на протеиновые антигены, потом — реагины и в последнюю очередь — иммобилизины.

Считается, что в начале заболевания сифилисом обнаруживаются более крупные антитела IgM и IgA. При поздних формах приобретенного и врожденного сифилиса обнаруживаются антитела практически только класса IgG. Такие же данные были получены Wronskj и Szarmach, которые констатировали при поздних формах сифилиса наиболее высокий уровень IgG и менее выраженное повышение уровня IgM. Изучая при позднем сифилисе реакции бласттрансформации лимфоцитов и торможения миграции макрофагов и лейкоцитов, Bowszyk обнаружил, что поздний бессимптомный сифилис характеризуется самым высоким уровнем клеточной реактивности при иммунологическом ответе на внедрение бледной трепонемы (по сравнению со всеми периодами сифилиса). При прогрессивном параличе и спинной сухотке эта клеточная реактивность снижается.