В вакуолях трихомонады видны фагоцитированные гонококки. Окраска метиленовым синим, длиной 12—15 см с оплавленными концами надевают резиновый баллончик и набирают в нее слегка подогретый изотонический раствор (0,5—1 мл). После удаления свободных выделений и легкого массажа уретры в ее наружное отверстие вставляют трубку. Больной плотно прижимает к ней наружное отверстие уретры. Раствор несколько раз вдувают в уретру и вновь засасывают в трубку. Таким образом, с ним смешивается отделяемое передней уретры и содержимое ее желез и лакун. Смыв выпускают во флакон из-под пенициллина, откуда его можно перенести на предметное стекло или засеять Центрифугирование смыва облегчает поиски возбудителей. Наряду с уретральными соскобами (смывами) обязательно исследуют секрет предстательной железы.
У женщин желобоватым зондом или тупой ложечкой берут соскоб со стенок влагалища, области заднего свода, уретры, из шеечного канала отделяемое забирают гинекологическим пинцетом. При сохранившейся девственной плеве у девушек и девочек на анализ берут ложечкой отделяемое или смыв из глубины влагалища и из уретры.
В лабораторию направляют одновременно нативные и окрашенные мазки (или сухие мазки для окраски). Методы окраски и культурального исследования подробно описаны в руководствах по лабораторной технике и методических рекомендациях. Особенно часто применяют окраски по Граму и 1% раствором метиленового синего, позволяющие находить и гонококки и трихомонады при смешанной инфекции.
Весьма хорошие результаты получены при фазово-контрастной микроскопии.