Чечевицеобразный папулезный сифилис следует дифференцировать с красным плоским лишаем, парапсориазом и чешуйчатым лишаем.
Красный плоский лишай. В отличие от папулезного сифилиса папулы имеют полигональные очертания, красный с буроватым или синюшным оттенком цвет, характерный восковидный блеск при боковом освещении, пупкообразное вдавление в центре папулы, на поверхности серовато-белый сетчатый рисунок (симптом Уиккема), нередко сопровождаются сильным зудом. Излюбленной локализацией являются сгибательные поверхности предплечий, кисти и голени, но папулы могут располагаться на любом участке кожного покрова и слизистых оболочек (полость рта, половые органы). Узелки при красном плоском лишае едва возвышаются над уровнем нормальной кожи, т. е. являются плоскими. Они обладают периферическим ростом, нередко сливаются, образуя группировки в виде колец или бляшки. Иногда на местах физического, химического, механического и биологического раздражения появляются типичные папулы красного плоского лишая — изоморфная реакция (симптом Кебнера). Течение заболевания длительное от нескольких месяцев до многих лет).
Каплевидная, или капельная, форма парапсориаза характеризуется высыпанием розовато-красного цвета, размером с чечевицу и больше, мягкой консистенции, в виде коллоидной пленки (при поскабливании появляется так называемый симптом шелушения). Заболевание чаще встречается у женщин. Высыпания не обладают периферическим ростом и не склонны к слиянию. При установлении диагноза большое значение имеют длительное течение (годами) и отрицательные серологические реакции.