С помощью электронного микроскопа установлено, что бледная трепонема в очагах поражения чаще располагается в межтканевых щелях и различных клетках, в периэндотелиальном пространстве, встречается в кровеносных сосудах, особенно при ранних формах сифилиса, в нервных волокнах и т. д. Нахождение бледных трепонем в пери и эпиневрии не указывает обязательно на поражение нервной системы. Это может быть и при наводнении трепонемамн различных органов и тканей, своего рода септицемии в то время как нахождение возбудителя в эндоневрии, как и патологический ликвор и ранние менингеальные явления, служат показателем специфического поражения нервной системы. Фагоцитированные трепонемы остаются большей частью жизнеспособными — фагоцитоз незавершенный, в случае применения антибиотиков фагоцитоз большей частью завершенный. Иногда трепонемы в лейкоцитах заключены в полимембранную фагосому, а при разрушении клетки такие фагосомы могут быть и свободными вне клетки. Наличие полимембранных фагосом, с одной стороны, является положительным фактором: клетка, в которой образовалась такая фагосома, защищает организм от распространения инфекции, изолируя трепонему мембранами. С другой стороны, это явление может рассматриваться как отрицательное: трепонемы в полимембранных фагосомах более устойчивы к лечению и воздействиям антител, мембраны мешают их доступу к трепонеме. Все формы бледной трепонемы, найденные нами совместно с В. В. Делекторским (цисты, полимембранные фагосомы, фагоцитоз различными клетками, нахождение трепонем в кровеносных сосудах и в нервных волокнах) у кроликов, обнаружены нами и в биоптатах больных сифилисом людей.
Бледная трепонема при посеве материала непосредственно от больного на искусственные питательные среды не растет. По данным некоторых авторов, им удалось получить рост трепонем, однако это была счастливая случайность, все трепонемы стали непатогенными. Такой же находкой располагаем и мы. Нами получены 4 культуры трепонем, выделенные кролика, но они не являются патогенными. Большинство авторов, несмотря на огромное количество опытов, роста трепонем на питательных средах не наблюдали.
Принципиально следует считать доказанным, что рост трепонем получить можно, но рабочего метода нет, а кроме того все они теряют патогенность. Проверка работ авторов, получивших заражение животных культурами трепонем, этих данных не подтвердила. На этом основании многие исследователи считают, что культуральные трепонемы вообще не имеют отношения к сифилису, они являются сапрофитами, случайно выделенными от больных сифилисом. Однако едва ли такое обобщение правильно по отношению ко всем трепонемам. Надо полагать, что трепонемы, выделенные Р. Р. Гельтцером из крови или Reiter из спинномозговой жидкости, являются действительно бледными трепонемами, потерявшими свою патогенность при посеве на питательные среды. Морфологически культуральные трепонемы несколько толще, грубее трепонем, выделенных из очагов поражений. Антигенная структура их близка, но не идентична патогенной трепонеме.