При затянувшихся уретритах и в хронической стадии болезни к экссудативным изменениям присоединяются пролиферативные. Инфильтраты в подслизистом слое приобретают ограниченный, очаговый характер. В них, кроме лимфоидных и плазматических клеток, появляются фибробласты. В одних случаях в инфильтратах все же преобладают круглоклеточные элементы (мягкие инфильтраты), в других — соединительнотканные (переходные и твердые инфильтраты). Замещение инфильтрата рубцовой тканью приводит к сужению уретры — стриктуре. Цилиндрический эпителий на некоторых участках превращается в многослойный плоский, изредка даже в ороговевающий. В заднем отделе уретры иногда возникают мягкие кровоточащие грануляции.

Одним из типичных морфологических изменений при хроническом гонорейном уретрите является поражение уретральных желез в виде открытого или закрытого уретрального аденита, а изредка в форме кистозного фолликулярного процесса в заднем отделе уретры. Н. С. Ляховицкий (1969), подчеркивая однотипность морфологических изменений при уретритах разной этиологии, писал: «…некоторые нюансы в описанной гистологической картине могут варьировать, но это будет зависеть не от характера этиологического фактора, а от характера реактивной способности организма, от его иммунобиологического состояния, от фазы воспалительного процесса».