Выраженные изменения слизистой оболочки уретры (разрыхление эпителиальных клеток, дистрофия их вплоть до десквамации и образования эрозивных участков, пролиферация с образованием лейкоплакий) и подслизистого слоя (воспалительные инфильтраты с формированием соединительной ткани), поражения желез и лакун нередко сохраняются после исчезновения гонококков (этиологическое излечение). Они могут быть одной из причин постгонорейных уретритов у мужчин.

Уретроскопия позволяет четко определить локализацию и характер морфологического субстрата воспалительного процесса в форме различных изменений слизистой оболочки уретры. Эндоскопическая картина отражает патологоанатомические процессы в тканях мочеиспускательного капала. В частности, уретроскопия нередко является единственным критерием дифференциального диагноза между свежей торпидной и хронической гонореей, когда внешние симптомы заболевания практически совпадают, а начало болезни осталось не замеченным больными. Тогда только выраженная очаговость эндоскопических изменений слизистой оболочки, наличие переходных и твердых инфильтратов будут убедительно свидетельствовать о хроническом уретрите. При хронической гонорее нередко находят так называемые бляшки Перина — яркокрасные кровоточащие участки слизистой оболочки, покрытые мелкими грануляциями, в соскобе из которых у нелечившихся больных можно обнаружить гонококки.