Путь заражения и биологические свойства возбудителя определяют тот факт, что при гонорее патологический процесс обычно ограничивается местом первоначального внедрения гонококков. В связи с этим принято различать гонорею мочеполовых органов (генитальная), экстрагенитальную и метастатическую, являющуюся осложнением двух первых основных видов гонореи.

Гонококки приспособились паразитировать главным образом в мочеполовых органах, на слизистых оболочках, выстланных цилиндрическим эпителием (уретра, цервикальный канал, нижняя часть прямой кишки, конъюнктива глаз). Поражения слизистых оболочек, покрытых многослойным плоским эпителием (наружные гениталии, глотка), как и поражения кожи, возникают редко, лишь при особых благоприятствующих моментах (механическая, химическая и термическая травмы, мацерация, гормональная перестройка организма с сопутствующим снижением факторов естественной защиты). И объясняется это совсем не каким-то специфическим сродством, «аффинитетом» гонококков к цилиндрическому эпителию. Просто этот вид эпителия наиболее доступен для проникновения любых микроорганизмов сквозь него к подэпителиальной ткани и сосудам вследствие его анатомо-функциональных особенностей. Попавшие на слизистую оболочку уретры мужчин гонококки через межклеточные пространства достигают спустя 3—4 дня субэпителиальной соединительной ткани и обусловливают воспалительную реакцию; уретральные выделения — результат миграции нейтрофилов, лимфоцитов и плазматических клеток к месту внедрения гонококков.