Трихомонады, попадая в мочеполовые органы, у мужчин распространяются по слизистой оболочке уретры, проникают в ее железы, лакуны и, поражая заднюю уретру, внедряются в придаточные половые железы. Некоторые авторы, подчеркивая частоту поражения предстательной железы, считают, что именно в ней трихомонады находят наилучшие условия обитания. Crowley даже предложил по этой причине называть возбудителя Tr. prostatialis. Трихомонады в простате могут не вызывать никаких воспалительных изменений. Такое асимптомное носительство Г. А. Воскресенская обнаружила у 27,8%, А. С. Петрунин —у 10,6% обследованных. Однако у мужчин трихомонады чаще всего находятся в уретре, которую следует считать типичным местом обитания этих паразитов. У женщин основным местом паразитирования трихомонад служит влагалище, хотя они могут также внедряться в уретру, мочевой пузырь, полость матки и др. Так, у больных трихомонозом женщин восходящий процесс развивался в 14—19%, причем в этих случаях трихомонады были изолированы из полости матки. В ряде случаев трихомонады высевались из гноя удаленных оперативным путем фаллопиевых труб и пиосальпинкса.

Экспериментально доказана возможность распространения трихомонад по лимфатическим путям и попадания их в лимфатические узлы. Описано инфильтративно-язвенное поражение кожи паховой области, обусловленное трихомонадами, проникшими, по-видимому, из инфицированного пахового лимфатического узла.