Время, необходимое для проникновения гонококков в подэпителиальную ткань и развития воспалительной реакции, определяет продолжительность инкубационного периода. Клинические наблюдения показывают, что длительность его колеблется от 1 дня до 1 мес и более. Mahoney и соавт., заражавшие «добровольцев» из заключенных тюрем США лабораторными штаммами гонококков, также зарегистрировали колебания инкубации от 1 до 21 дня. Гонококки не только постепенно per continuitatem распространяются по поверхности слизистой оболочки, но и «…проникают в лимфатические щели и сосуды, а поэтому быстро переносятся в отдаленные от первичного места проникновения инфекции отделы мочеполового тракта». Лимфогенное распространение возбудителей в мочеполовой системе подтверждается очаговым поражением уретральных желез, окруженных густой сетью лимфатических сосудов, необычно быстрым переходом воспаления на задний отдел уретры у мужчин и быстрым развитием аднекситов у женщин.

По лимфатическим путям гонококки могут попадать в паховые лимфатические узлы, вызывая их припухлость и болезненность. Akers утверждает, что у мужчин паховая аденопатия в 30% сопутствует острому гонорейному уретриту; врожденная узость крайней плоти, затрудняющая отток гноя из уретры, предрасполагает к развитию лимфаденита. Впрочем, при экспериментальном заражении гонореей болезненное припухание паховых лимфатических узлов имелось только у 4 из 82 мужчин. Dahl и Dans подчеркивают, что гонококки могут быть причиной лимфаденита, несмотря на отсутствие уретрита.