Гонококки нередко попадают в гениталии одновременно с другими возбудителями передающихся половым путем инфекций, в первую очередь с урогенитальными (влагалищными) трихомонадами и хламидиями, реже — с влагалищными бактериями (гемофильная палочка) и грибами Candida. В других случаях гонококки вызывают обострение существовавшей до этого малосимптомной или латентной инфекции, обусловленной перечисленными и некоторыми другими микроорганизмами.

В отличие от гонококков большинство этих возбудителей либо совсем не подавляется противогонококковыми препаратами (трихомонады, грибы Candida, вирус герпеса II типа), либо малочувствительно к ним (хламидии, микоплазмы). Поэтому, несмотря на исчезновение гонококков, лечение иногда не дает эффекта, так как воспалительный процесс в мочеполовых органах поддерживается другими патогенными микроорганизмами.

Смешанная инфекция отражается как на клинике и течении гонореи, так и на результатах терапии. Например, смешанная инфекция с трихомонадами приводит к удлинению инкубации, более частым осложнениям со стороны добавочных половых желез у мужчин, более частому возникновению эрозии шейки матки и восходящих процессов у женщин. Заметно затрудняется диагностика гонореи, а у некоторых больных гонококки обнаруживаются только после устранения трихомонад. Это имеет важное эпидемиологическое значение, поскольку среди больных трихомонозом скрываются потенциальные источники гонорейной инфекции.

Наконец, смешанная инфекция с трихомонадами ухудшает результаты лечения гонореи, на что обращали внимание Л. Г. Богачева, А. Н. Михайлов и С. Л. Козин, Castrejon и др. По-видимому, это связано с фагоцитозом гонококков трихомонадами. В фагосомах трихомонад гонококки не подвергаются разрушению, а размножаются, и к тому же становятся малодоступными для противогонорейных препаратов.