Наличие в организме больного спиралевидных бледных трепонем и их трансформация при неблагоприятных для микроба условиях существования в цисты, гранулы, лолимембранные фагосомы, L-формы (формы устойчивого существования, формы резистентности) на фоне завершенного и незавершенного фагоцитоза обусловливает многообразие исходов при контакте человека с больным заразной формой сифилиса и различие в течение сифилитической инфекции у лиц, заболевших сифилисом.

При обычном «классическом» течении сифилитической инфекции в инкубационном периоде бледные трепонемы, попавшие в организм, преодолевают барьер его неспецифических защитных сил и быстро распространяются лимфогенно-тематогенным путем. В последнее время показано, что возможно распространение трепонем и неврогенным путем (в эли- , пери — и эндоневрии). Они были обнаружены и в просвете капилляров. Видимая реакция организма на начало сифилитического процесса (появление твердого шанкра и регионарного склераденита) запаздывает.

Массовое размножение трепонем и их распространение по всему организму происходят в конце первичного и начале вторичного периода сифилиса. Наступает своеобразный спирохетный сепсис, который сопровождается нередко температурной реакцией, слабостью, недомоганием, болями в костях и суставах и развитием полиаденита. Хотя трепонема является паразитом тканей, но в период сепсиса ее можно обнаружить в крови больных. Наличие в организме антигена (бледные трепонемы) приводит к выраженным иммунобиологическим реакциям, вследствие чего часть трепонем погибает — наступает скрытый период вторичного сифилиса. Затем сложные взаимоотношения между микро — и макроорганизмом обусловливают волнообразное, стадийное течение инфекции во вторичном периоде сифилиса (клинические рецидивы заболевания).